De geschiedenis van de Kerk van Konstantinopel en haar ontwikkeling tot Oecumenisch Patriarchaat is nauw verbonden met de geschiedenis van Byzantium of het Oost–Romeinse Rijk. De stichting, in het jaar 324, van het Nieuwe Rome (Byzantium), dat meteen het oude Rome verving, luidt voor de Kerk van Konstantinopel een periode van voortdurende ontwikkeling in.
Voor Konstantijn de Grote behoorde het Bisdom van Byzantium tot het Aartsbisdom van Heraklia, en volgens de Traditie is het de H. Apostel Andreas die Stachys tot de eerste Bisschop van de stad Byzantium gewijd heeft.
Na Stachys volgt een ononderbroken reeks van 24 andere bisschoppen , met als laatste de H.Mitrofaan, met wie de eerste periode van het Bisdom Byzantium werd afgesloten. Konstantijn verklaarde het Bisdom van Byzantium onafhankelijk en verhief Bisschop Mitrofaan tot de waardigheid van Aartsbisschop. Het nieuwe Rome werd een sterk cultureel en spiritueel centrum. In die hoofdstad van het Romeinse Rijk ontmoetten het ideaal van de oecumeniciteit van het Rijk en het ideaal van de christelijke oecumene elkaar, om harmonisch verder te bestaan. Een tweede belangrijke periode voor de Kerk van Konstantinopel is die van Keizer Theodosius de Grote, die de stad tot hoofdstad van het Byzantijnse of Oost–Romeinse Rijk uitriep.
In 381 verhief het IIe Oecumenisch Concilie de Aartsbisschop van Konstantinopel tot tweede in rangorde na de Bisschop van Rome.
In 451, bevestigde het IVe Oecumenisch Concilie de 3e Canon van het IIe Oecumenisch Concilie . Met zijn 28e Canon werd de Troon van Konstantinopel gelijkgesteld met die van Rome, en kreeg hij in zijn jurisdictie alle christelijke gemeenschappen van buiten de grenzen van het Rijk.
In de 6e eeuw (in 518) wordt voor het eerst aan Patriarch Ioannis (Kapadokis) van Konstantinopel de titel verleend van ‘Oecumenisch Patriarch’. Deze titel wordt in het jaar 586 bekrachtigd door de Synode van Konstantinopel.
In de 7e eeuw vielen – ten gevolge van de Arabische overheersing – de drie laat-ste patriarchaten buiten de grenzen van het Rijk. In de 8e eeuw had in Rome de verheffing plaats van de Paus tot ‘politiek heerser’ en niet alleen maar tot ‘religieus leider’.
De 9e eeuw wordt gekenmerkt door de tussenkomst van de Westerse Kerk in kerkelijke aangelegenheden van de Bulgaren. De geschillen tussen Paus Nikolaas en de patriarch Fotios, alsook de hoedanigheid van de Paus als werelds heerser en zijn steeds meer overheersend optreden t.o.v. de Kerken van het Oosten, lagen aan de basis van de eerste twisten tussen beide Kerken. 1054 staat helaas in de kerkgeschiedenis voor het betreurenswaardig schisma tussen de twee Kerken. Hierop volgen de kruistochten, de bezetting van Konstantinopel en de vernieling van het patriarchaat tijdens de 4e Kruis-tocht in 1204. Gedurende 57 jaar was het Patriarchaat genoodzaakt zijn zetel in de stad Nicea te vestigen.
De val van Konstantinopel (1453) luidde voor het Centrum van de Orthodoxie een nieuwe periode in. Mohammed II zorgde voor goede contacten met de Oecumenische Patriarch. Alle christenen van het Rijk werden als een bijzondere groep of natie beschouwd binnen het Rijk en onder de verantwoordelijkheid van de Patriarch geplaatst.
Daarmee was de Patriarch verantwoordelijk voor alle christenen t.o.v. de Ottomanen en hij droeg vanaf nu ook de politieke bekommernis. De kerkelijke jurisdictie werd ten zeerste uitgebreid: alle christenen van het Ottomaanse Rijk behoorden tot zijn jurisdicties. Ook de Slavische christenen behoorden tot de obediëntie van de Oecumenische Patriarch. Later nam deze uitgebreide jurisdictie weer af door de toekenning van autocefalie aan de lokale Kerken van: Rusland (1589), Griekenland (1850), Servië (1879), Roemenië (1885) ,Albanië (1937) en Bulgarije (1945).
Vandaag behoren tot de jurisdictie van de Oecumenische Troon: 5 Aartsbisdommen in Turkije, alsook de Aartsbisdommen van Amerika, Australië, Groot-Brittannië, Frankrijk, Duitsland, Oostenrijk, België, Zweden en gans Scandinavië, Nieuw-Zeeland,en het verre Oosten, Zwitserland en Italië, de 8 Aartsbisdommen van Kreta, de 4 Aartsbisdommen van de Dodekanese en de Heilige Berg Athos.